A 2006/2007-es szezon mérföldkő lett a Paksi FC életében, ugyanis a gárda először lett tagja a magyar élvonalnak. A Budapest Honvéd tizenhárom éve, 2007. május 12-én vizitelt előszőr Pakson, és udvariatlan vendégnek bizonyult, mert Igor Bogdanovic duplájával 2–1-re verte az újoncot.
A következő összecsapásra három hónappal később került sor, ezúttal Abraham duplázott, s a légióson kívül Hercegfalvi is betalált a paksi kapuba (3–0). 2008 őszén megszerezte első pontját a Paks (1–1), majd 2010 tavaszán az első győzelmét is elkönyvelhette (1–2). A visszavágás hamar, már tavasszal sikerült, Bojtor László góljával 1–0-ra nyertünk. 2013 őszén akadémistáink parádéztak, Vécsei Bálint duplájával és Vernes Richárd góljával csikócsapatunk 3–0-ra nyert az atomvárosban. 2013 őszén 1–1-es döntetlent játszott a két együttes, gólunkat Hidi Patrik szerezte.
A döntetlen egyébként sűrű eredmény a párosítás történetében, 2016-ban (1–1), 2017-ben (2–2) 2018-ban (0–0) is megosztoztak a pontokon a csapatok. 2019 őszén a tolnaiak nyertek 3–1-re, megszakítva a Honvéd 4 éves veretlenségi sorozatát. Legutóbb, 2020 márciusában gól nélküli döntetlent játszott a két együttes.
Mérleg
Az összesített és az idegenbeli mérleg nyelve is a Honvéd felé billen. A 33 találkozón 14 kispesti, 5 paksi győzelem született, a döntetlenek száma feltűnően magas, 14. Az idegenbeli mérleg is a Honvédnak kedvez, 5 kispesti, 4 paksi győzelem mellett 7 döntetlent jegyezhettek fel a statisztikusok.
Góllövőlista
Az összesített góllövőlistát Eppel Márton vezeti 5 találattal. A második helyen hármas holtverseny alakult ki, a már visszavonult paksi, Kiss Tamás, Böde Dániel és Davide Lanzafame között, valamennyien 4 gólt szereztek. A jelenlegi keretből hárman, Gazdag, Aliji és Lovric szerzett 1-1 gólt a Paks ellen.
